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江西长江科技中等专业学校在处理学生违纪行为时，会依据学校规章制度和学生管理手册的规定，结合违纪行为的性质和严重程度进行相应的处理。处理方式可能包括警告、检讨、通报批评、记过、留校察看等。学校重视学生的成长和教育工作，在处理违纪行为的同时，也会注重引导学生认识错误，改正行为，促进学生的健康成长。