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江西省井冈山应用科技学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力并不完全相同。应用科技学校的毕业证书通常证明学生在特定职业技能或行业知识方面的专业技能和知识水平，而普通高中毕业证书则证明学生完成了基础教育阶段的学习。因此，在具体使用上，两种证书有不同的价值和用途。建议根据具体情况和个人发展规划来判断其效力。