吉安应用工程学校对于违纪学生的处理是严肃而公正的。学校会先进行调查，了解事情的真相和背景，然后根据学生违纪的严重程度，依据校规校纪进行相应处理。这可能包括警告、记过、留校察看，甚至更严重的处分，如开除学籍。学校注重引导学生认识错误，改正行为，并鼓励学生积极参与课外活动，培养良好的行为习惯。因此，每位学生都应严格遵守学校规章制度，共同维护良好的学习和生活环境。